La Schola Gregoriana Pragensis è stata fondata da David Eben nel 1987. Durante i primi anni della sua esistenza al complesso era permesso di cantare solo nella liturgia. Questa limitazione cessò dopo il 1989 e da allora si è impegnata nell'incisione e in concerti in patria e all'estero.

Le incisioni dell'ensemble nascono esclusivamente in collaborazione con il maggiore editore musicale ceca, Supraphon, ricevendo numerosi premi quali Choc du Monde de le Musique, 10 de Repertoire, Zlata Harmonie e il Golden Harmony Award per la migliore registrazione ceca dell'anno.

La Schola Gregoriana Pragensis è riconosciuta tra gli interpreti più importanti del mondo medievale di musica sacra. Il suo repertorio è incentrato sull'interpretazione semiologica del canto Gregoriano secondo le fonti più antiche del X e XI secolo; grazie ad uno studio intensivo di fonti medievali, vanta tra i suoi programmi anche un certo numero di composizioni uniche recentemente scoperte del periodo tra XIII-XV secolo.

Per quanto riguarda le registrazioni dei concerti e dei progetti, il pubblico e le recensioni degli esperti ne apprezzano soprattutto la fantasia drammaturgica e l'interpretazione musicale, con le quali l'ensemble fa rivivere il repertorio proveniente dalle radici stesse della cultura musicale europea.